Der er en zombiepest, der breder sig i hele befolkningen. Selv mægtige superhelte er ikke immune over for dets virkninger, og mange flere bliver hele tiden inficeret. Det er op til professor Charles Xaviers største studerende, X-Men, at standse de walking deads fremskridt og sætte en stopper for blodbadet én gang for alle.I Marvel Zombies - A Zombicide Game: X-Men Resistance vendes bordet, mens spillerne påtager sig rollen som X-Men, mutante superhelte, der forsøger at stoppe zombie-plagen. Denne udvidelse introducerer Hero Mode. Mens spillerne i Marvel Zombies - A Zombicide Game forsøger at sprede zombiesygdommen, påtager de sig her rollen som mere traditionelle Survivors fra Zombicide-serien og kæmper mod de udødes angreb.